John Frusciante nasceu em 5 de Março de 1970 em Queens, Nova Iorque, mas mudou-se para Los Angeles com 12 anos. O pai de John, também chamado John, era pianista que deixou a música para se tornar advogado e posteriormente juiz. Sua mãe, Gail, era cantora gospel (cuja participação podemos ouvir no coro de "Under the Bridge") tendo deixado a sua carreira para se tornar dona de casa. A família voltou-se a mudar mais tarde, primeiro para Tucson, Arizona e posteriormente para a Florida. John só voltaria para a California, após o divórcio dos seus pais, tendo ido viver com a mãe em Santa Monica.
Aos sete anos, John começou a aprender guitarra e aos nove já sabia tocar todas as músicas de Jimi Hendrix, fazendo com que fizesse algumas gravações aos catorze anos. Alem de Hendrix, ele tinha influências musicais de Jimmy Page, Jeff Beck, Frank Zappa, entre outros. Com dezesseis anos, John muda-se para Los Angeles onde pretende seguir carreira de músico. Era hábito praticar quinze horas diárias.
John Frusciante viu os Red Hot Chili Peppers pela primeira vez ainda adolescente, tornando-se imediatamente um fã fervoroso. Começou a ver em Hillel Slovak, o guitarrista original da banda , um ídolo, tendo aprendido como tocar guitarra e baixo em todas as músicas dos três primeiros álbuns. Slovak morreu de overdose em 1988 e o baterista Jack Irons deixou a banda devido a problemas relacionados em lidar com a morte de Hillel. O baixista Flea e vocalista Anthony Kiedis decidiram manter-se juntos e continuar com o projeto.
John tinha-se tornado amigo de D. H. Peligro (baterista dos Dead Kennedys) em 1988, e eram comum praticarem em conjunto. Um dia, Peligro convida Flea para ir tocar com eles e a química entre os dois futuros companheiros surgiu de forma imediata. Flea ficou impressionado com o talento de John e uma vez que a banda estava a procura de um novo guitarrista, chamou Anthony para ver John tocar. A decisão foi unânime: John era o novo guitarrista dos Peppers. John estava quase a assinar contrato com os Thelonious Monster, com quem tinha estado a tocar nas última duas semanas, mas acabou por ser contratado logo por Flea e Anthony . Chad Smith, baterista, se juntaria à banda pouco antes de começarem a trabalhar no álbum seguinte.
Ainda antes de se juntar à banda, John inscreveu-se para fazer uma audição para integrar a banda de Frank Zappa e não se sabe ao certo por que razão ele não chegou a fazê-la, mas é provável que tenha sido porque Zappa fizera uma proibição aos músicos que o acompanhavam de consumir drogas ilegais. John assume mais tarde, em entrevista, que tinha decidido ser uma estrela do rock, que queria experimentar drogas e conhecer garotas. "Eu vi que queria ser uma estrela do rock, usar drogas e conseguir garotas, e eu não estaria apto a fazer isto se estivesse na banda do Zappa."
Em 1989, grava junto com os Red Hot Chili Peppers o álbum Mother's Milk produzido por Michael Beinhorn. O álbum manteve o estilo funk dos anteriores e o estilo de tocar de John era altamente influenciado por Hillel. Mother's Milk, trouxe à banda, porém, o primeiro êxito mainstream com o cover de "Higher Ground", do músico Stevie Wonder.
No ano de 1991 grava o álbum Blood Sugar Sex Magik, produzido por Rick Rubin. As gravações deram-se numa suposta mansão assombrada em Beverly Hills, cheia de história uma vez que já tinha sido habitada por Houdini; era o local onde os Beatles experimentaram LSD pela primeira vez e onde Jimi Hendrix havia dado loucas festas. Durante as gravações foi gravado um documentário, intitulado "Funky Monks", que partilha toda a experiência de criação de Blood Sugar Sex Magik. O álbum foi um enorme sucesso, sendo considerado pela crítica uma obra-prima (é o 72º colocado na lista dos 100 maiores álbuns de todos os tempos pela Q Magazine, e o 310º lugar na Lista dos 500 Melhores álbuns da história). Faziam parte deste álbum sucessos como "Give It Away" a balada "Under The Bridge", e outras.
Ao finalizar as gravações do Blood Sugar Sex Magik, John começa a usar drogas inconsequentemente, e apresenta sinais de que começava a sofrer de depressão. Apresentou sérias dificuldades em lidar com a fama que o sucesso esmagador do álbum trouxe a banda, começando a sabotar as perfomances dos Chilis, tocando as músicas de forma diferente e imprevisivel para os outros membros (ficou célebre uma interpretação de "Under the Bridge" no programa Saturday Night Live, onde tocou e cantou de forma descontrolada perante a surpresa do resto da banda). Levou também a sua namorada Toni, em digressão, quebrando assim uma antiga regra imposta pelos quatro: nada de mulheres ou namoradas nas disgressões. Isso causaria muitos problemas de relacionamento com o resto da banda, e em especial com Anthony Kiedis, com quem passa a ter um relacionamento muito instável. Em Maio de 1992 decide subitamente deixar os Red Hot Chili Peppers, antes de um concerto no Japão. Quando lhe perguntaram que desculpa dariam ao público e aos jornalistas John diz : "Digam a eles que enlouqueci". Arik Marshall substituiu John por alguns meses e Dave Navarro entrou na banda.
Desde 92, antes mesmo de sua saída da banda, John inicia uma carreira a solo, compondo e gravando músicas arbitrariamente, como um Free-lancer. No ano de 1994 é lançado o álbum Niandra Lades and Usually Just a T-Shirt, com canções gravadas, compostas e executadas em todos os outros dois anos anteriores, um álbum de padrões "lo-fi" (baixa qualidade na gravação), onde se percebe que as músicas foram gravadas sem preocupações de estética musical, nem clareza de timbres e menos proporções de segmentos melódicos tradicionais. Em 1997 John, já afundado pela depressão, pelas drogas que acabaram por lhe trazer inúmeras sequelas físicas, pela quantidade de tempo improdutivo financeiramente (o qual passou estudando pintura e autores consagrados, como Da Vinci), e pela quantidade de tempo que passou sem praticar seu instrumento, lança outro álbum, Smile from the Streets you Hold, que foi concebido, inicialmente com a única intenção de ganhar dinheiro para poder usar drogas, como foi afirmado por ele mesmo. Álbum este que é controverso por todo os seus seguidores, e nos dias de hoje um de seus favoritos. Na época em que esteve fora da banda, John diz ter passado por inúmeras experiências sobrenaturais.
Após ter saído de clínicas de reabilitação, por várias vezes, com várias recaídas, John decide se internar em um hospital o qual passa internado por mais de um mês, uma vez que estava fraco, debilitado, com com várias deformações coporais, e com a perda dos dentes,extraídos para evitar uma infecção letal em John. Em 1998, John inicia por um processo de reformulação física e mental, onde passa por diversas cirurgias plásticas de reconstrução de seu rosto, livra-se da dependência das drogas (que por mais um ano no máximo teriam o matado, segundo ele) e Anthony, que após saber por Flea do estado do amigo, resolve lhe comprar uma guitarra (Frusciante havia vendido todas as que possuia para poder ter dinheiro para comprar drogas) e intervir, insistindo para que ele voltasse a tocar com a banda, uma vez que o RHCP nunca mais conseguiu atingir o mesmo status que tinha até antes dele sair. John aceita a proposta, e aos poucos vai reaprendendo como tocar guitarra, sua inclusão nos ensaios da banda vai acontecendo de maneira bem progressiva e ao mesmo tempo bem prodiginosa.Quem acompanhou a sua volta considerou milagrosa segundo Flea.
Em 1999, lança-se o álbum "Californication" que marca a volta de Frusciante para o Red Hot Chili Peppers. O álbum abre mão da virtuosidade técnica característica da banda, para apoiar-se no "feeling" incrivelmente inesgotável e renovador de cada um de seus integrantes. O álbum foi um sucesso esmagador de vendas, fama e execução, atingindo as massas em escala mundial. Durante os anos seguintes John faz turnês com a banda e então concentra-se em álbuns solo. Em 2002 é lançado o álbum "By The Way", bem aclamado pela critica, e nem tão bem visto pelos apreciadores em geral, por ter uma estética sonora totalmente glamurosa e altamente produzida, se distanciando ao ponto máximo do som "freaky" característico da banda no início de carreira.
Em 2004 mantem em hiato uma banda paralela de nome Ataxia juntamente com Joe Lally (membro da banda Fugazi) e Josh Klinghoffer (membro da Bicycle Thief). Após o primeiro disco chamado "Automatic Writing", no mês de maio de 2007 lançam o esperado "Automatic Writing II".
Em 2006 o álbum "Stadium Arcadium" é lançado, sendo o último lançado pelos Red Hot Chili Peppers. Seus principais hits são "Dani California" e "Snow ((Hey Oh))", entre outros.
Em 2009, aproveitando o período de férias do Red Hot Chili Peppers, o guitarrista John Frusciante preparou o lançamento de um novo álbum solo. o trabalho foi batizado como "The Empyrean" e o lançamento ocorreu em 20 de janeiro de 2009, pelo selo norte-americano Record Collection. O cd foi gravado entre dezembro de 2006 e março de 2008. O disco tem dois convidados especiais bem conhecidos do público. Um deles é o ex-guitarrista da banda inglesa Smiths, Johnny Marr. O outro convidado é o baixista Flea, parceiro de Frusciante no RHCP. "The Empyrean" é o décimo álbum solo do guitarrista e o sétimo desde que ele voltou ao Red Hot Chili Peppers em 1998.Um dos maiores sucessos do The Empyrean, é a música Unreachable. Ela foi colocada pelo próprio John em seu Myspace antes mesmo do lançamento do CD. Flea e outros guitarristas participaram também do álbum. Particularmente, John diz que The Empyrean foi realmente um trabalho excelente. Ele gosta de todas as músicas, sem exceção, e diz que gosta de ouvir o CD várias vezes por dia, por trazer-lhe uma energia psicodélica muito grande.
No segundo semestre de 2009, Chad Smith afirma que John Frusciante está gravando todos os dias em seu estúdio e em uma entrevista ele se recusa a ser apresentado como guitarrista do Red Hot Chili Peppers e dá uma pausa de 30 segundos quando é perguntando sobre os "planos" da banda, então responde apenas: "Não há planos."
No dia 15 de novembro, mais precisamente num domingo, John Frusciante anuncia que sairia do Red Hot Chilli Peppers por motivos ainda desconhecidos. No dia 17 de Dezembro, John diz que, mentalmente, já tinha saído há muito tempo. "Ele quer é trabalhar nas suas coisas, nos seus álbuns. Toda aquela maquinaria de uma grande banda de rock já não lhe diz nada", diz uma fonte anônima. O substituto de John no RHCP foi Josh Klinghoffer, que foi guitarrista de apoio dos Peppers em 2007, e também tocou com nomes como PJ Harvey, Beck e Gnarls Barkley, além de ter participado de vários álbuns da carreira solo de Frusciante.
